Většinu sálů přerovského zámku využívá Muzeum Komenského pro své dlouhodobě instalované expozice, které pokrývají téměř 1200 metrů čtverečních plochy. Využití budovy zámku pro muzejní expoziční prostory má svou tradici již od roku 1906, kdy dvě místnosti v prvním poschodí využívalo Městské museum. V letech 1927-1931 proběhla rozsáhlá rekonstrukce budovy zámku, jehož interiéry byly z rozhodnutí městské rady adaptovány pro muzejní účely. Expozice vznikaly ve časovém rozmezí od 30. let 20. století až do roku 2000 a jejich stav a úroveň odpovídají dobovým vědeckým poznatkům i instalačním přístupům a dokládají i obecný vývoj českého muzejnictví.
Expozice je umístěna do šesti místností pozdně gotických suterénních prostor západního a jižního křídla zámku. Expozice zpřístupněná v roce 2000 seznamuje návštěvníky s archeologickými nálezy z oblasti přerovského regionu (včetně známého sídliště “lovců mamutů” v Předmostí u Přerova) od starší doby kamenné až do sklonku středověku a počátků raného novověku na přelomu 15. a 16. století. více▸
Expoziční cyklus historických rekonstrukcí školních tříd dokladuje zajímavým způsobem různá období vývoje dějin školství a pedagogiky v českých zemích. V instalacích dobových školních tříd jsou uplatněny bohaté „školské“ sbírky Muzea Komenského zaměřené na školní nábytek, školní pomůcky, školní nástěnné obrazy, mapy a učebnice. více▸
Scénář expozice, která se nachází ve dvou místnostech 1. patra východního křídla zámku, byl zpracován v roce 1987 pod původním názvem Stará škola. více▸
Expozice umístěná v největším sále 2. patra jižního křídla přerovského zámku ukazuje českou měšťanskou školu (6. až 8. rok školní docházky) vybavenou soudobým nábytkem a zařízením, učebnicemi a didaktickými pomůckami. více▸
Třída je vybavena jako venkovská učebna malotřídní národní školy. Na čelní stěně s dvoulistovou tabulí uprostřed se nachází státní znak z období lidově-demokratického Československa a portréty dvou státníků, československého prezidenta Klementa Gottwalda a představitele Sovětského svazu Josifa Vissarionoviče Stalina. více▸
Uprostřed místnosti v 1. patře jižního křídla zámku je sádrový model plastiky J. A. Komenského od Vladimíra Navrátila, vedle níž se ve skleněné urně nachází prsť z místa Komenského posledního odpočinku v nizozemském Naardenu. více▸