Archeologickou sbírku tvoří převážně archeologické nálezy získané jak nahodilými akcemi a povrchovými prospekcemi, tak i systematickými i záchrannými archeologickými výzkumy, a to do poloviny 20. století převážně na území větší části střední Moravy (převážně se však jednalo o Přerovsko, Tovačovsko, Kojetínsko, okolí Němčic n. Hanou, Nezamyslic, Mořic, Tištína, Víceměřic). Po druhé světové válce byly do archeologické sbírky zařazovány až na výjimky jen předměty, nabyté archeologickými výzkumy a sběry na území přerovského okresu.
Obsah archeologické sbírky
Obsah archeologické sbírky představují převážně artefakty, nebo jejich zlomky (z funkčního hlediska jde zejména o předměty denní potřeby, nástroje, pomůcky, zbraně popř. součásti výstroje, šperk, toaletní potřeby, součásti oděvu, zvláštní předměty, surovinu a polotovary) zhotovené z keramiky (zcela převažující materiál), kamene, kosti a parohu, kovu (měď, bronz, železo, zlato, stříbro i elektron), skla a skelné hmoty a z různých organických materiálů. Sbírka zahrnuje i několik kopií pravěkých artefaktů. Součástí sbírky jsou také další nezbytné položky inventáře archeologických výzkumů (antropologický a osteologický materiál, vzorky z vrstev apod.).
Nejvýznamnější nálezové soubory
K nejvýznamnějším nálezovým souborům, uloženým v archeologické sbírce, náleží bezpochyby nálezy skeletů lovné zvěře poslední ledové doby z nejvýznamnější lokality Přerovska - Předmostí (včetně proslulých mamutích kostí, klů a stoliček), bronzové depoty z Přerovska, případně vůbec nejstarší poklad kovových předmětů na Přerovsku, datovaný do období pozdní doby kamenné, objevený výzkumem na hradisku v Hlinsku u Lipníka nad Bečvou.
Z období raného středověku můžeme vzpomenout velkomoravské šperky ze zlata, stříbra a bronzu z Horního náměstí v Přerově. Významná je také kolekce pozdně gotických a raně renesančních keramických kachlů i kadlubů z Přerova, Lipníka nad Bečvou i z Týna nad Bečvou - hradu Helfštýna. Archeologická sbírka obnáší celkem 112 523 kusů předmětů.
Písemná evidence
Pro práci se sbírkou je k dispozici písemná evidence, významné předměty jsou zachyceny v formou kresebné i fotografické dokumentace. K artefaktům, které byly nabyty terénními archeologickými výzkumy, jsou k dispozici nálezové zprávy v tištěné podobě. Práci se sbírkou usnadňuje také podrobný katalog archeologických lokalit, zpracovaný v návaznosti na jednotlivá katastrální území okresu Přerov.
Nejvýznamnější předměty archeologické sbírky jsou vyobrazeny v knižním průvodci expozicí Archeologie Přerovska, který rovněž popisuje okolnosti vzniku archeologické sbírky přerovského muzea a obsahuje též zatím nejobsáhlejší aktuální bibliografii k archeologické tématice v regionu.